团藏这番鬼话，卡卡西当然不信，“可是……”团藏道，“况且九尾来袭那晚上，因为三代目的命令，你们没能加入对抗九尾的战斗。四代目不是因为这个丢了性命吗？我不希望这是他为自己重登火影之位设的计谋。木叶村的未来不能交给他这种人！”说完这些话，团藏就离去了。找上卡卡西的团藏却把一切都归罪于三代。
火影办公室，三代火影把暗部忍者都叫来了，“我要从暗部当中挑选些精英担任护卫，前往火之国的大名府。”暗部忍者们一起哈依，猿飞指了指旁边的卷轴，“这就是计划书。”
当天夜里，卡卡西潜入了根部的地下基地。根部忍者甲发动了木遁忍术，木头缠向飞跃下来的卡卡西。卡卡西吃了一惊，瞬身避开了木遁袭击。根部忍者甲就是日后的大和队长，此时他还是个少年，代号为甲。大和结印，“木遁，大树林之术！”大和伸出手臂，钻出无数的树木袭向卡卡西。卡卡西结印，“千鸟！”雷切闪烁，反击向大和。团藏及时出现，喝止了二人，“住手！”
大和急忙解除了木遁忍术，卡卡西也散去手中的千鸟。团藏道，“这个人是我叫来的，甲。”大和哈依道歉。团藏对卡卡西的弃明投暗非常高兴，“很高兴你能来。”卡卡西把猿飞那里拿来的计划书交给了团藏过目。卡卡西为团藏带去了保护大名任务的计划书，团藏看完后，欣喜若狂，“这一天终于来了，干得好，卡卡西！”卡卡西的面具下，红色的写轮眼闪烁着光芒。
凌晨，卡卡西再次从误杀琳的恶梦中惊醒，对三代火影的行为也产生了怀疑，卡卡西还没有意识到这是受到了团藏的误导。团藏对三代的诽谤让卡卡西陷入了疑虑，而现在的他还没有从琳的死中恢复过来。
洗漱完后，卡卡西来到街上。刚巧，阿凯在旁边的团子店吃丸子。跟以前一样，卡卡西目中无人地从旁边走过去，让本来想跟他打招呼的阿凯大为丧气，“又变得不理人了！”想起那晚深入根部遇到的奇怪少年，卡卡西非常好奇，“他竟然能使用木遁……从火影那里应该能找到线索。”
晚上，卡卡西潜入了火影居旁边的图书室，找到了《初代柱间全集》系列书籍。卡卡西的行动并没有瞒过还在工作的三代火影猿飞。卡卡西嘴里叼着手电筒，开始翻阅那些书籍。书中记载，初代火影柱间是森之千手一族的族长，自尸山血海中平定乱世的男人。当年唯一能有资格成为他对手的人，就是精通火遁忍术的宇智波斑。后来两人化敌为友一起创立了木叶。而柱间则是唯一能自由操纵木遁的人。
卡卡西有些疑惑，他不明白为何根部的那个少年忍者也能使用木遁。卡卡西继续进行翻越，在下面发现了一份机密文件。但是文件袋里的东西是空的，卡卡西有些纳闷。三代火影走进来，把文件扔给卡卡西，“你想找的是这个吗？”卡卡西吃惊，“教授！”卡卡西急忙俯身行礼，猿飞道，“没关系，我允许你看。”卡卡西哈依，翻看文件。猿飞进行了解说，曾经的初代火影柱间，在与宇智波斑的激战中使用木遁忍术，并制服了九尾。
猿飞道，“但是在他之后，就没有人继承木遁之术。想制服尾兽，写轮眼与木遁必不可少。即便在木叶村，也曾经倾尽全村之力，为复活初代木遁之术做研究。然而，自愿成为实验体的成年人身上，进行柱间细胞移植的实验，却悉数失败，徒增了不少牺牲。因为柱间的细胞排斥反应特别厉害，失败的人身体里直接长出了树木……于是非常遗憾，这番尝试被作为禁术，封印起来。不过近几年，村中的中下忍甚至暗部，陆续有人下落不明。更严重的是，木叶周边的村落，还接连发生数起绑架婴儿的案件。”
其实猿飞说的这些事件，都是臭名昭著的团藏与大蛇丸两人的杰作。能够确认的失踪者数量多达60名。卡卡西问起原因，猿飞道，“虽然说只是传言，听说有人仍然在继续已被封禁的柱间细胞移植的实验。”卡卡西道，“为什么要这么做呢？”猿飞叹气，“或许有人想要收集各种忍术吧！即便是我有时也会觉得，如果有木遁忍者在该多好啊！因为那样一来，就不会白白牺牲四代的性命了。”猿飞这个说法与团藏完全不同，让卡卡西更加迷惑起来。
猿飞笑道，“当然了，这些不过是传言。”卡卡西道，“如果……真的存在移植了柱间细胞的婴儿……”猿飞摆手，“给婴儿移植细胞的行为是被禁止的。况且即便真有人这么做了，成功的可能性也非常低。”猿飞转身准备离开，“不过，万一，我说是万一……最初被绑架的婴儿活到现在，应该有十岁了吧！”卡卡西道，“十岁吗？”
根中会使用木遁的忍者让卡卡西非常在意，在三代提供的资料里卡卡西得知那是植入了一代火影柱间细胞的忍者。
根部基地，团藏召集了所有部下，“明晨寅时，三代火影将配备5名直属暗部作为护卫，向大名府出发。他的目的是在四代目逝世后，重新继任火影。如果他成功上位，木叶村就会再次被一个胆小怕事优柔寡断的领导者掌控。为了村子，绝不能让这一局面形成。你们的任务，便是在途中迅速结果第三代的性命。唯独一点必须注意，不能让别人知道是谁干的。必须让人们以为是流浪忍者下的手！”根部忍者一起答应。
第二天早上，5名直属暗部护卫三代火影踏上前往大名府的路程。当三代火影等人进入树林路途时，根部头目发动了指示。假扮成流浪忍者的根部成员，从空中驾驶滑翔翼俯冲而下，袭击三代火影。暗部护卫与根部成员进行了激战，手里剑和苦无在空中激荡。那5名直属暗部都是高手中高手，以5人之力挡住了几十个根部成员的攻击。只有根部甲成功地接近了三代火影。这个根部甲就是日后的大和，大和结印，发动木遁之术，木条拔地冲出，刺穿了三代火影。
三代火影变成了木柱，是替身术。大和吃惊，抬头看去，果然三代火影站在上面的大树上。然后砰地一声，解除了变身术，三代火影竟然是卡卡西变身而成的。大和再次结印，“木遁，大树林之术！”卡卡西打开了写轮眼，看清了大和木遁的攻击轨迹，“千鸟！”卡卡西避开了木遁袭击，沿着木头杀了下来，雷切切断了大树林的木遁，大和被击飞出去。
年轻的大和经验不足，轻易被卡卡西击败了。卡卡西问道，“你是怎么学会木遁之术的？当然，我知道你不会老实交代的。”卡卡西放过了大和，“你走吧！总有一天，木叶会需要你的忍术。”大和落荒而逃。其他几名暗部返回来，与卡卡西汇合，“他们的目标果然是三代火影，将我们从三代身边引开才是他们的目的。”女暗部道，“他们已经撤了。”另一个暗部道，“咱们的人都没事吧？”女暗部道，“是的。”
暗部队长问起敌人的身份，女暗部道，“不知道，还没摸清他们的真实身份。”其实大家都隐约猜到了敌人是哪些人。暗部队长道，“算了，反正剩下的事情三代目会处理好的。”
火影办公室，团藏坐在火影的位置上，志得意满。正当团藏充满了幻想时，猿飞日斩走了进来，“不好意思，我还不能把那个座位让给其他人。”团藏手忙脚乱地站起来，猿飞道，“你好像很惊诧我为什么还活着。”团藏头上冒汗，“哪里，因为我听说你今早去大名府了。”猿飞道，“有个人背叛……不对，幡然醒悟，向我透露了去大名府的路上有人行刺的消息。”团藏马上知道是卡卡西背叛了。
猿飞道，“幕后主使是谁一查就知道。如此一来，那人就会被治死罪，这点毋庸置疑。”团藏无话可说，其实即便卡卡西没说，凭根部那些忍者也不可能杀死雄风依旧的三代火影。猿飞道，“但是我的主义不允许我伤害更多的人，要是见到他，我想对他说，这次事件我一概不追究了，看在刚殉职的金宇上忍以及过世的二代火影的情分上。”团藏羞愧万分，他是金宇的师父，也是二代火影的弟子，加上同门的情谊，猿飞决定饶他这一次。
团藏因逃过一劫暗自庆幸。猿飞警告，“但相对的希望他今后能为木叶村尽心尽力！”团藏开口，“你还是坚持和平主义啊！你的天真总有一天会毁灭你自己，日斩！”猿飞道，“可能吧！”团藏向外走去，“从来都是这样，你是光，我是暗。”猿飞道，“有光的地方必定有黑暗。然而缺了哪一方，世界都无法维持正常运行。”
晚上，卡卡西面见三代火影，“我没资格留在暗部。”猿飞叼着烟斗，“为什么？因为你，我才捡回一条性命。”卡卡西羞愧，“即便没有我的通风报信，以教授你的实力……况且，我毕竟起过背叛的念头。”三代火影望着月色，“我没能保护好你父亲……还有四代目。你恨我也在所难免。事实上，水门生前曾经找我谈过，他安排你进暗部，是希望你能忘记心里的伤痛。”
当时，四代火影也担心这样的做法，会撕裂卡卡西的旧伤口，有些迷茫。三代火影道，“没人能治愈心伤，只有时间能让他淡忘。”水门赞同。随后，三代火影提出了一个办法，让卡卡西去做怀孕的玖辛奈的保镖，“远离暗部的任务，观察人类孕育新生命的过程，或许能使他有所触动。”水门高兴地同意了。
卡卡西泪流满面，猿飞道，“水门逝世后，我也想过是否将你从暗部解放。但现在看来，我仍然需要你的力量。能作为火影的直属暗部，再为我工作一段时间吗？”卡卡西答应了。猿飞道，“但愿水门也能允许我这样做。”卡卡西道，“三代大人，我觉得有件事一定要告诉你。在根部，有个木遁忍者。”猿飞并不吃惊，“果然如此！大致情况我已经有头绪了，这件事能交给我处理吗？”卡卡西急忙说不敢。
因为卡卡西的缘故团藏暗杀三代的计划完全落空，与三代的谈话解除了卡卡西的心结。现在的他决定继续作为暗部来辅佐三代，但卡卡西内心的创伤不知何时才能痊愈。
大名府，对猿飞日斩再次出任火影，大名表示了赞成，“你既有智慧，又有经验，这下我就放心了。”这次出席会议的是猿飞、小春、门炎、鹿久与暗部班长。大名阴阳怪气地说了半天废话，摇着折扇张望了一会儿，“今天，那个人……眼神犀利表情凶恶的男人没有来啊？”猿飞道，“你指的是团藏吧？”大名道，“对对，就是那个独眼男人。”猿飞道，“他有急事，只好缺席了。”大名松了口气，“这样才好，我还真有点怕他。”
木叶附近的一个秘密基地，团藏与大蛇丸密会。大蛇丸还在进行实验，团藏道，“我们之间最近不便直接联系。”大蛇丸道，“发生什么事情了？”团藏道，“卡卡西背叛了，他可能将我们的事情告知了猿飞日斩。”其实卡卡西对他们两个人之间的勾当根本不知情，团藏是做贼心虚了。大蛇丸冷冷道，“这可不妙啊！或许这里的秘密会很快地暴露。按三代目的本事，我们瞒不了他多久。不，说不定他已经察觉到了。”